南京市第二醫院，又名東南大學附屬第二醫院，由宋美齡基金會創建于1933年，有77年歷史。南京市腫瘤醫院、南京市老年病醫院與南京市第二醫院合署，南京市腫瘤防治辦公室也設在南京市第二醫院。醫院專業設施完善，技術力量雄厚，醫療設備先進，是集醫療、教學、科研為一體的江蘇省三級甲等醫院。現任院長趙偉博士是江蘇省醫學領軍人才，江蘇省傳染病學科帶頭人，衛生部表彰的全國衛生系統先進個人，享受國務院政府特殊津貼。
　　醫院地處六朝古都南京市鼓樓區，占地面積38880平方米，建筑面積61556平方米，擁有一棟現代化的20層門診病房大樓，核定床位600張。在建工程有建筑面積3.8萬平方米的醫技病房大樓，建成后床位將擴大至1000張。2009年全院診療總人次26萬，出院人次8955，床位周轉次數18.8，床位使用率99.1%，業務收入2.1億元。現有在職職工839人，醫技人員659人，占75%。正高級專家教授37人，副高級專家教授77人，博士7人，在讀博士6人，碩士97人。江蘇省醫學領軍人才和省突出貢獻的中青年專家2人，省333工程人才，市拔尖人才、行業技術帶頭人24人。現有職能科室19個，臨床科室16個，醫技科室9個。全國學會副主委1人，委員3人，省級學會主任委員1人，副主任委員4人，常委13人，委員10人。
　　醫院設有肝病內科、外科、婦產科、兒科、感染病科、中西醫結合科、門急診、ICU、人工肝治療中心、血液凈化及腎臟科、腫瘤科、消化科、老年病科、骨科、皮膚性病科、放射科、放療科、肝病檢測中心、體檢中心等臨床醫技科室。門診設有相應的專科及專家特色門診，同時開設心血管科、呼吸科、神經內科、免疫科、內分泌科、血液科等內科門診。醫院有3個省級診療技術中心，省市重點學科、專科6個。2009年5月南京市第二醫院被確定為第一批江蘇省綜合（專科）醫院示范中醫科建設單位。2010年2月4日，國家中醫藥管理局[國中醫藥函（2010）34號]發布通知，南京市第二醫院成為江蘇省唯一被國家中醫藥管理局確定的中醫藥防治傳染病重點研究室建設單位。
　　醫院擁有價值數千萬的高精尖醫療設備。包括64排螺旋CT、磁共振、西門子直線加速器、模擬定位儀、腔內后裝治療機，美國數字胃腸X光機、菲利浦C臂X光機、CR、DR、美國產GE彩超、三維立體放療系統、瑞典核苷酸多態分析系統、美國雅培免疫分析系統、雅培全自動生化分析儀、流式細胞儀、基因DNA核酸測序儀、日本超速離心機、英國程序冷凍儀、美國全波長酶標儀、定量PCR儀、血氣分析儀、特定蛋白分析儀、瑞典產血液透析機、人工肝支持系統、MARS分子吸附人工肝，以及無創、有創呼吸機和心電監護儀等先進儀器設備，為醫院的醫療及科研工作的開展提供了保證，使醫院各種檢查及檢測項目準確性和精確率都處于全省領先水平。
　　醫院作為東南大學醫學院附屬醫院、南京大學醫學院、南京醫科大學、南京中醫藥大學、南通大學教學醫院、東南大學醫學院碩士研究生培養點及省級醫學繼續教育基地之一，其科研水平得到公認。近六年獲科研成果38項，其中部級獎2項，省科技進步獎4項，省衛生廳新技術引進一等獎4項，二等獎10項，南京市政府科技進步獎14項，其中一等獎3項，二等獎1項，三等獎10項。已完成省部級科研項目10項，目前正承擔的國際合作項目1項，國家重點專項1項，省部級項目10項，編寫專著7部，獲專利證書1項。發表SCI論文25篇，中華系列期刊論文50余篇。醫院每年承擔東南大學本科5個班，研究生2個班，南京大學研究生1個班，南京中醫藥大學留學生4個班的教學任務，已獨立培養畢業研究生12人。
　　醫院積極開展對外學術交流和醫療技術橫向聯合工作。近五年來，醫院先后接待美國、德國、澳大利亞等國家醫學代表團。每年派出多批專家赴國外進修、參加學術交流和參觀學習活動，并與省內外20多家市、縣級醫院建立友好合作關系。2009年，南京市第二醫院和美國俄勒岡州波特蘭醫學中心癌癥研究所簽署"關于聯合開展腫瘤研究和臨床治療"的合作備忘錄。雙方將在腫瘤治療、人才培養、學科建設、課題申報、論文發表等方面開展全方位合作。
　　醫院十分重視環境的美化、綠化工作，門診及病房周圍建立了綠化帶，院內各種花卉爭奇斗艷，環境優美，為名副其實的花園式醫院。2007年投入使用的3.3萬平方米新門診病房大樓配有各種現代化醫療、搶救設施，可滿足不同層次患者的需要，為病人提供舒適溫馨的就醫場所。
　　醫院兩次榮獲全國衛生系統先進集體、衛生部"全國抗非先進集體"、中組部"全國抗非先進基層黨組織"等榮譽稱號，連續多年保持江蘇省文明單位、南京市文明單位稱號。
　　根據南京市規劃局規劃要點及南京市第二醫院五年發展規劃，南京市第二醫院正在建設一座醫技病房大樓，地下一層，地面20層，建筑面積3.8萬平方米，預計建成后，南京市第二醫院的放射、影像、病理、腔鏡、實驗室、消毒供應室、中心配液室的建設將跨上一個新的臺階，醫療服務范圍和服務能力將大大加強。南京市第二醫院有信心把醫院建成政府和人民滿意、放心的研究創新型、資源節約型和人文和諧型醫院，以一流的技術、一流的人才、一流的環境、一流的服務奉獻于社會、奉獻于病人，為保障人民健康做出新的貢獻。